Les ressources du CONAFE sont provisionnées par :
- les contributions du Conseil National des Chargeurs du Cameroun ;
- les contributions des Organismes Portuaires Autonomes ;
- les contributions du Guichet Unique des Opérations du Commerce Extérieur ;
- les contributions du Ministère en charge des finances ;
- les contributions du Ministère en charge des transports ;
- les contributions de l’Agence des Normes et de la Qualité ;
- les contributions des Aéroports du Cameroun S.A ;
- les contributions de la Cameroon Civil Aviation Authority ;
- les contributions de l’Autorité Portuaire Nationale ;
- les contributions de la CAMRAIL ;
- les contributions de l’organisme en charge de la gestion du fret ;
- les contributions du secteur privé ;
- les financements et contributions des partenaires au développement.
Les montants des contributions sont fixés par le Président du COS en début de chaque exercice et constituent des deniers publics.
Le budget du CONAFE couvre les charges courantes inhérentes aux activités de fonctionnement des organes du CONAFE, notamment : les études, l’organisation des réunions, les déplacements, la formation, la communication, les dépenses de matériel, l’édition de la documentation, les indemnités de session, les allocations mensuelles, la rémunération du personnel et des consultants, le cas échéant.